國(guó)內(nèi)生物數(shù)據(jù)共享會(huì)碰到哪些困難?

健康 未結(jié) 2 818
為狗注冊(cè)的
為狗注冊(cè)的 2021-09-30 16:22
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  • 2021-09-30 16:47

    樓主的問(wèn)題,生物數(shù)據(jù)大多指基因組、蛋白質(zhì)組等,但我更想說(shuō)的一個(gè)生命科學(xué)領(lǐng)域整體的數(shù)據(jù)共享,應(yīng)該包括以上數(shù)據(jù)、健康表型數(shù)據(jù)、還有樣本資源。因?yàn)?,僅僅有以上生物數(shù)據(jù)的共享,實(shí)質(zhì)上在科研方面的作用會(huì)大打折扣。那么,在理清了我們共享的“標(biāo)的”后,我們可提出共享的問(wèn)題。

    1、機(jī)制問(wèn)題:
    如上一樓筆者所說(shuō),美國(guó)鼓勵(lì)數(shù)據(jù)的共享,甚至以強(qiáng)制性措施來(lái)要求數(shù)據(jù)共享。而在國(guó)內(nèi),大多項(xiàng)目在結(jié)項(xiàng)之后就是項(xiàng)目“die”的時(shí)候,沒(méi)有后續(xù)性,更多是游擊戰(zhàn)的節(jié)奏。另,國(guó)內(nèi)沒(méi)有NCBI這樣子的平臺(tái),提供國(guó)內(nèi)科研工作者把數(shù)據(jù)上傳、共享、供別人使用。(大多數(shù)的發(fā)英文文章都會(huì)發(fā)在上面吧~~)OK!回到剛才,既然項(xiàng)目停了,那么老師自然就沒(méi)有能力來(lái)建立個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)持續(xù)性為其他研究者服務(wù)啦!大家可以看看人類(lèi)遺傳資源平臺(tái),就是這么一回事,項(xiàng)目結(jié)項(xiàng)后好好的平臺(tái)就沒(méi)法運(yùn)營(yíng)了!

    2、意識(shí)問(wèn)題:
    在國(guó)內(nèi)大多數(shù)老師,都認(rèn)為這個(gè)“樣本、表型信息、組學(xué)信息”是自己辛辛苦苦去收集,花錢(qián)(國(guó)家的錢(qián))的去搞回來(lái)的,意識(shí)上認(rèn)為是自己的財(cái)產(chǎn),具備該“標(biāo)的”的所有權(quán)!但我們跟國(guó)外的某些老師聊過(guò),人家認(rèn)為這個(gè)更應(yīng)該是人類(lèi)的東西,就應(yīng)該共享出去。甚至國(guó)內(nèi)有一部分保守的老師認(rèn)為,共享數(shù)據(jù)會(huì)引起什么基因戰(zhàn)、什么生化危機(jī)balabala。我們自己做樣本的共享平臺(tái)E-BioBank,就深刻理解這一點(diǎn)。老師視這個(gè)為寶,沒(méi)有可預(yù)見(jiàn)可獲得利益的時(shí)候,堅(jiān)決握在手里。

    3、激勵(lì)措施:
    “天下熙熙,皆為利來(lái);天下攘攘,皆為利往?!彪m說(shuō)我們走的社會(huì)主義道路,但是還是需要搞市場(chǎng)化手段。所以,我覺(jué)得在數(shù)據(jù)共享過(guò)程中,應(yīng)該有利益上的激勵(lì)措施。如果,數(shù)據(jù)共享是個(gè)盡花錢(qián)、盡花心思、沒(méi)有利益回報(bào)的事情,估計(jì)這個(gè)事情不持久!至于激勵(lì)措施,應(yīng)該科學(xué)界有個(gè)頂層的制度出來(lái)。

    4、技術(shù)問(wèn)題:
    數(shù)據(jù)是多元化、很泛化的東西,那么如何明確化數(shù)據(jù)的共享?那就必須給數(shù)據(jù)清晰的定義,如元數(shù)據(jù),還需要確定數(shù)據(jù)格式內(nèi)容。如data harmonization,這個(gè)問(wèn)題全世界都在面臨。另,大數(shù)據(jù)的共享,硬件、軟件、人才都成問(wèn)題,如何讓如此大數(shù)據(jù)從A點(diǎn)傳輸?shù)紹點(diǎn),誰(shuí)成為大數(shù)據(jù)的管理者、協(xié)調(diào)者,這都是個(gè)技術(shù)活。現(xiàn)在,國(guó)家基因庫(kù)想做這個(gè)事情,但是水平自然就遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及格啦?。ㄎ覍?shí)話實(shí)說(shuō)!)
    最后,Share大家一份我們收到的材料:《Framework for Responsible Sharing of Genomic and Health-Related Data》,P3G聯(lián)合相關(guān)聯(lián)盟搞的材料,值得我們了解!

    如有講得不對(duì),請(qǐng)大家指正!
    數(shù)據(jù)共享、資源共享,都是為了科學(xué)發(fā)展,為了人類(lèi)健康事業(yè),為了資源的價(jià)值最大化,你我他有責(zé)!
    0 討論(0)
  • 2021-09-30 16:48

    最大的困難是只給看論文,無(wú)法看數(shù)據(jù)。國(guó)內(nèi)的政府科研項(xiàng)目一直沒(méi)有強(qiáng)制性的數(shù)據(jù)公開(kāi)和共享要求。生命科學(xué)的數(shù)據(jù)零散地掌握在各個(gè)科研單位和研究小組內(nèi)部,對(duì)國(guó)家的科研投入來(lái)說(shuō),這是一種巨大的浪費(fèi)。

    據(jù)了解,在我國(guó),這樣的現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生:國(guó)家向某個(gè)重大研究課題投入巨資,支持其從基因組層面研究若干重要的遺傳疾病。最終,雖然該研究發(fā)表了一系列高水平論文,但卻從未將詳細(xì)數(shù)據(jù)公開(kāi)。

    李亦學(xué)認(rèn)為,這樣的研究本可以整體提升中國(guó)相關(guān)領(lǐng)域?qū)W術(shù)水平,但“只給看論文、無(wú)法看數(shù)據(jù)”的做法,極大限制了國(guó)家級(jí)課題的帶動(dòng)效應(yīng)。

    美國(guó)是生命科學(xué)大數(shù)據(jù)產(chǎn)出和應(yīng)用的領(lǐng)先者,不僅數(shù)據(jù)量和分析技術(shù)領(lǐng)先,而且在數(shù)據(jù)共享方面也是如此。

    李亦學(xué)告訴記者,美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心(NCBI)存儲(chǔ)了分子生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué)領(lǐng)域的海量數(shù)據(jù),一大批計(jì)算機(jī)專家和生物學(xué)家維護(hù)著這個(gè)龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)和自動(dòng)分析系統(tǒng)。這個(gè)平臺(tái)對(duì)支撐起美國(guó)在生命科學(xué)領(lǐng)域的地位至關(guān)重要。NCBI的數(shù)據(jù)是科學(xué)家無(wú)償提供的。根據(jù)規(guī)定,美國(guó)科學(xué)家要想拿到政府經(jīng)費(fèi),必須在申請(qǐng)課題時(shí)就承諾在課題完成后,將詳細(xì)的研究數(shù)據(jù)提供給NCBI;如果違背承諾,這名研究者將被列入黑名單,可能再也無(wú)法得到資助。這是NCBI獲得大量數(shù)據(jù)的根本保證。
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