還是從軟件、硬件合理搭配上尋求滿足處理速度要求的計(jì)算體系吧。
摩爾定律由Gordon Moore提出的，其內(nèi)容為：當(dāng)價(jià)格不變時(shí)，集成電路上可容納的晶體管數(shù)目，約每隔18個(gè)月便會(huì)增加一倍，性能也將提升一倍?，F(xiàn)在已經(jīng)放緩到36個(gè)月翻一番。而基因測(cè)序速度在短短的五年內(nèi)提升了500倍，相應(yīng)的計(jì)算能力增長(zhǎng)顯得相形見(jiàn)絀。
在蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部高性能計(jì)算平臺(tái)的建設(shè)上，浪潮以軟硬一體的高性能計(jì)算集群方案，很好地解決了這一問(wèn)題，浪潮高性能計(jì)算平臺(tái)投入運(yùn)行后，蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部的測(cè)序數(shù)據(jù)處理量從原來(lái)的每天500GB提高到了4TB，從512核到1152核的運(yùn)行效率提高了4倍。
蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部現(xiàn)階段主要運(yùn)行MPI編程的GROMACS、NAMD、LAMMPS以及OpenMP編程類型的VASP、Gaussian等應(yīng)用軟件。這兩種編程對(duì)通訊速率、內(nèi)存帶寬的要求不同。根據(jù)這些軟件的特點(diǎn)，浪潮制定高性能天梭TS10000集群系統(tǒng)解決方案。整個(gè)系統(tǒng)的計(jì)算網(wǎng)絡(luò)采用業(yè)界主流的56Gbps全線速Infiniband網(wǎng)絡(luò)，并且采用了模塊化Infiniband交換機(jī)，相對(duì)于小交換機(jī)堆疊網(wǎng)絡(luò)可靠性高，易管理，且能夠節(jié)省1/2數(shù)量的線纜，從而充分滿足系統(tǒng)的高速通信需求。
存儲(chǔ)系統(tǒng)采用浪潮TSExaStor并行文件系統(tǒng)存儲(chǔ)，該文件系統(tǒng)是浪潮自主研發(fā)的高帶寬、高IOPS的統(tǒng)一存儲(chǔ)系統(tǒng)。除此之外，浪潮自主開(kāi)發(fā)的智能化、專用定制化的Cluster Engine高性能計(jì)算服務(wù)平臺(tái)，具有更多人性化功能，幫助用戶更快的構(gòu)建系統(tǒng)、更好的應(yīng)用系統(tǒng)、完善的管理系統(tǒng)，提升整體集群的使用效果，保證了用戶良好的應(yīng)用。
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