1868年,一只海怪在太平洋上攻擊船只的傳聞,讓水手們產(chǎn)生了憂慮和恐懼,并破壞了航道。幾個月的搜尋后,海怪被發(fā)現(xiàn)。雖然戰(zhàn)艦用大炮向它射擊,但海怪依然猛撞了它。阿龍納斯和尼德·蘭掉下了船,康塞爾在阿龍納斯之后也跳下去。燃燒的戰(zhàn)艦顯得很無助,它靜靜地漂泊,當(dāng)船下的乘客大叫著求助時,船上沒有一人回答。三個人在海上漂泊著,最終發(fā)現(xiàn)了一艘看起來古怪的金屬船,他們認(rèn)識到海怪是人造的,又空寂無人的潛艇。在里面,阿龍納斯發(fā)現(xiàn)個觀望窗,看見了水下葬禮。潛艇的船員回到他們的船上,俘獲了這些遇難者。船長介紹他自己叫尼摩,‘鸚鵡螺’號的主人。他送還尼德·蘭和康塞爾到甲板上,然而出于對阿龍納斯的工作和研究的賞識,他愿意給予機(jī)會讓他留下。當(dāng)尼摩決定阿龍納斯要與同伴一起死的時候,他又允許尼德·蘭和康塞爾來到‘鸚鵡螺’號上。尼摩帶阿龍納斯到英國的罪犯流放地——龐蒂島上(依據(jù)原著,尼摩是印度人,應(yīng)受到是英國的侵略)。尼摩揭示了他曾經(jīng)是這里的囚犯,包括他所有的船員。囚犯裝載著軍火船?!W鵡螺’號撞擊了戰(zhàn)船,摧毀了它的貨物,殺死了船員。痛苦的尼摩告訴阿龍納斯,他的行為是拯救在戰(zhàn)爭中成千死的人。他還揭露了這個“討厭的國家”在企圖迫使他交出‘鸚鵡螺’號的秘密不得逞時,就把他的妻子和兒子折磨到死。尼德·蘭發(fā)現(xiàn)了尼摩的秘密基地——火山島的位置,用瓶子釋放消息,希望有人能找到他們,使他脫離束縛。在新幾內(nèi)亞島的海岸,‘鸚鵡螺’號擱淺在暗礁上。當(dāng)尼摩允許尼德·蘭和康塞爾上岸采集標(biāo)本時,尼德·蘭很高興。尼德·蘭獨(dú)自下船,探索逃離的林陰道。然而他跪在池邊喝水時,他看見了在樁上成百的人頭。意識到危機(jī),尼德·蘭逃命,返回到康塞爾那,之后食人族追捕到‘鸚鵡螺’號處。盡管尼摩停留在擱淺地,但他一點(diǎn)都不關(guān)心。他利用電荷在船殼上流通把食人族從船上擊退。尼摩對尼德·蘭不遵守他的命令感到狂怒,把他禁閉到潛艇的牢房。一艘戰(zhàn)艦接近了,向‘鸚鵡螺’號開炮。潛艇下降到深海,吸引了一只章魚、當(dāng)‘鸚鵡螺’號接近火山島時,島嶼被戰(zhàn)艦包圍,軍隊(duì)正匯聚在他的隱匿處。尼摩上岸時,尼德·蘭試圖顯示出他是瓶裝信息的發(fā)出者。阿龍納斯知道后十分狂怒,確定尼摩要摧毀他發(fā)現(xiàn)的所有事物。尼摩在他的隱匿處安裝炸藥,但在返回‘鸚鵡螺’號時背后中彈。之后隨意地駕駛潛艇離開火山島,尼摩宣布“這是‘鸚鵡螺’號最后一次下潛?!蹦崮Φ拇瑔T決定與他們的船長一起死。阿龍納斯、康塞爾和尼德·蘭被禁閉到他們的船艙?!W鵡螺’號的水手也在尼摩的指示下撤回他們的船艙。尼德·蘭反抗,試圖使‘鸚鵡螺’號浮出水面,在這個過程中它撞上了礁石。尼摩蹣跚著來到觀望窗,在死之前看了一眼他熱愛的大海。阿龍納斯試圖取回他記滿大量航海的日記,但是他們逃生的緊急迫使尼德·蘭打暈了他,把他運(yùn)出。在爆炸的時刻他們見證了火山島的摧毀。當(dāng)‘鸚鵡螺’號消失在波濤中時,尼摩的最后幾句話在阿龍納斯響起:“未來總是充滿著希望。當(dāng)世界準(zhǔn)備迎來全新更好的生活時,這些就成為過去。”