生物信息還需要云計算提供什么樣的功能？

showmovie 2021-10-25 15:47

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  ....對酒當歌

  2021-10-25 15:54
  
  快速分析？
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  360U3181785375

  2021-10-25 15:59
  
  ODPS這個云服務(wù)器，除了自己寫函數(shù)和上傳jar文件外。比如我在服務(wù)上想跑一個測序數(shù)據(jù)的tophat，服務(wù)器如何進行tophat運算??？
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  莫名被禁言什么鬼

  2021-10-25 16:05
  
  事實上，我還沒有用到任何云，但是近期可能有需求，也調(diào)研了亞馬遜和阿里的云，下面說一說我的現(xiàn)實需求。
  
  我研發(fā)的多重PCR引物設(shè)計的軟件mprimer，在常規(guī)的多重PCR引物設(shè)計中，計算量不存在問題，因為一般不超過10重，即使針對基因組進行特異性分析，使用一個CPU，也會很快出結(jié)果。但是如果要設(shè)計高通量的多重PCR引物用于二代測序目標區(qū)域富集的話，那時間問題就非常嚴重了。因為，至少在100重以上，1000重都是比較常見的，如果要針對整個外顯子設(shè)計引物（10000+），那時間問題就更為嚴重了，單核我估計得按年計算了，即使使用幾十個CPU，也得上月。
  
  所以，高通量的多重PCR引物設(shè)計，尤其是針對二代測序目標區(qū)域的富集，絕對是一個計算密集型的問題。
  
  當然，程序本身后續(xù)還要不斷的性能優(yōu)化，但當前階段，我對云有一個簡單粗暴的需求：核越多越好。
  
  其實，我的程序本身可以提高性能的地方不少，比如，用c語言改寫一下核心計算模塊；改成map-reduce兼容的模式等等。但是無論如何，對計算資源的需求都是一定的。
  
  不同的問題，對于云的需求肯定不同，就我目前的需求而言，亞馬遜的彈性云（計算優(yōu)化）是比較合適的。
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  盧洋

  2021-10-25 16:17
  
  華大云計算的項目經(jīng)理，曾經(jīng)說過基因數(shù)據(jù)中心的建設(shè)目前遇到的問題，也就是需要云計算去做的事情：
  
  一個是數(shù)據(jù)的同步，他從一個分支到另外一個分支，他的計算資源可能是在另外一個分支，他的計算可能在深圳，數(shù)據(jù)怎么同步過去，這是他們遇到最大的關(guān)于數(shù)據(jù)中心的管理問題。第二個是一種自動化的配置，數(shù)據(jù)中心太多了，管理起來就會非常的麻煩。每個中心會有不同的管理人員，日志怎么同步，這是比較大的問題。第三個是數(shù)據(jù)中心的虛擬化，在整個數(shù)據(jù)中心的管理過程中，現(xiàn)在走向一個新的趨勢，數(shù)據(jù)中心要進行虛擬化，才更容易管理，更容易把數(shù)據(jù)更好的利用起來。多個數(shù)據(jù)中心分支如何做虛擬化，然后做數(shù)據(jù)的同步。第四個是建設(shè)綠色的數(shù)據(jù)中心，因為規(guī)模越大，他的浪費越嚴重，會給他帶來非常大的運營成本的問題，如何能夠建設(shè)更加綠色的數(shù)據(jù)中心，真正的能夠按需所取，讓數(shù)據(jù)中心整個的投入能夠達到最大的投入產(chǎn)出比。
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