分子信標(biāo)是一種熒光標(biāo)記的寡核苷酸鏈,一般含有25~35個(gè)核苷酸。在結(jié)構(gòu)上,分子信標(biāo)大體上可以分為三部分:(1)、環(huán)狀區(qū):一般由15~30個(gè)核苷酸組成,可以與靶分子特異結(jié)合;(2)、莖干區(qū):一般由5~8個(gè)堿基對組成,在分子信標(biāo)與靶分子結(jié)合過程中可發(fā)生可逆性解離。(3)、熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán):熒光基團(tuán)一般連接在5ˊ端;淬滅基團(tuán)一般連接在3ˊ端,常用4-(4-二甲基氨基偶氮苯基)苯甲酸(DABCYL)作為淬滅基團(tuán)。根據(jù)Foerster理論,中心熒光能量轉(zhuǎn)移效率與兩者距離的6次方成反比。所以只有熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)之間達(dá)到一定的距離時(shí)才會(huì)產(chǎn)生熒光。