空軍總醫(yī)院和航空總醫(yī)院都在北京市，但是這兩家醫(yī)院不是一家，前者在北京市海淀區(qū)阜成路30號(西釣魚臺)，后者在北京市朝陽區(qū)高井甲一號。從臨床來說，空軍總醫(yī)院創(chuàng)建于1956年10月，是三級甲等醫(yī)院，航空總醫(yī)院創(chuàng)建于1974年4月，是現代化綜合醫(yī)院，前者擅長皮膚科、男科、骨科，后者擅長消化內科、呼吸內科、心血管內科等。
北京空軍總醫(yī)院和航空總醫(yī)院的醫(yī)療水平都比較發(fā)達，綜合實力也很強，兩家醫(yī)院都比較好。從臨床來說，空軍總醫(yī)院擔負野戰(zhàn)醫(yī)療所、空運醫(yī)療隊遂行保障任務，承擔著空軍駐京單位醫(yī)療保障任務，同時，為全國各地的地方廣大患者提供醫(yī)療服務。
另外，北京民航總醫(yī)院是一所集醫(yī)、教、研為一體、具有航空醫(yī)學特色的、不斷發(fā)展、富有朝氣的現代化綜合醫(yī)院，不僅承擔民航系統干部職工的醫(yī)療、保健、健康檢查和航空疾病的研究工作，同時也積極承擔北京市企事業(yè)單位和周邊社區(qū)廣大群眾的醫(yī)療服務工作。
